藥物治療在藏醫(yī)學中占有重要的地位，有著悠久的歷史。早在吐蕃時期就有了“有毒就有藥”的記載。但藏藥學與藏醫(yī)學在早期是相互融合的，并沒有單獨的藏藥學專著，從7～8世紀的《月王藥診》和《四部醫(yī)典》的內容中就可以看出。直至10世紀才開始有藏藥學的著作問世。到了18世紀，藏藥學著作已約達120部，其代表作首推《晶珠本草》。這時是藏藥學史上的興盛期。
早在公元前，藏族先民在生產和生活的過程中就已經發(fā)現了某些動、植、礦物有解除人體疾病的功效，如用酥油止血，治燒傷、燙傷；用溫開水通經活絡散瘀，等等。這些經驗通過言傳口授保存于民間，而這一時期就是藏藥學的啟蒙時期。
現存最早的一部藏醫(yī)學著作是《月王藥診》。其中就記載有藏藥780種，包括植物藥440種，動物藥260種，礦物藥80余種。而到《四部醫(yī)典》問世之時，其中所載的藥物已達到1000種以上。6～9世紀中葉是藏醫(yī)藥學史上的關鍵時期，雖然此時的著作大都是藏醫(yī)學與醫(yī)藥學的合著，但為后來的藏藥學的發(fā)展奠定了堅實的基礎。
直至清代出現了著名的藏藥學專著——《晶珠本草》，其中共載約2294種，在藏藥的分類方法中是頗具代表性的。根據藥物的來源、質地、生境和入藥部位等將藏藥分成13類，包括珍寶類、石類、土類、汁液精華類、樹類、濕生草類、旱生草類、鹽鹼類、動物類、作物類、水類、火類、炮制類。樹類又分為葉、花、果實、枝、桿、皮、樹脂等7類。旱生類系草本，分根、葉、花、果實、地上部分和全草等6種。這種分類方法比較科學，至今在植物和藥物分類上仍有重要的參考價值。
在藏藥的應用中，礦物藥和動物藥幾乎占了用藥總數的一半以上，這在其他古代傳統(tǒng)藥學中是很少見的，這可能與青藏高原的自然環(huán)境及其所形成的民族風俗習慣有密切的關系。而且藏藥中有不少藥物只產在高海拔的環(huán)境中，如高山雪蓮花、喜瑪拉雅紫茉莉等，這也是其他醫(yī)療體系中少見的。
藏藥學有其獨特的理論體系，主要有兩個方面，一是認為藥物的生長、性、味、效與所謂五源（即水、土、火、風、空）有密切關系；二是認為性、味、效是臨床用藥的理論基礎。
藏藥有六味、八性和十七效。六味是指甘、酸、咸、苦、辛、澀六種，其滋養(yǎng)身體的力量依次以前者較大。具有甘、酸、咸、辛味的藥物能醫(yī)治隆病，具有苦、甘、澀味的藥物能醫(yī)治赤巴病，具有辛、酸、咸味的藥物能醫(yī)治培根??；八性是指8種性能，即重、潤、涼、熱、輕、糙、鈍、銳，在臨床應用中要依據對治的原則，即熱性病以寒性藥物治療，寒性病以熱性藥物治療，寒熱并存的疾病以寒熱藥兼而治之；十七效指17種對治功效，寒與熱，溫與涼，干與稀，潤與糙，輕與重，穩(wěn)與動，鈍與銳，柔與燥及軟。總之，藥物的功效是以寒熱為主導的，熱的效能醫(yī)治寒性病，寒的效能醫(yī)治熱性病，只有判別清楚疾病的性質，然后用與病性相反的藥性藥物治療，方能收到良好的效果。對“三因”所致的病癥，也要講求藥物的性效，治療才能得到理想的效果。如治療隆病，宜用具有重、穩(wěn)、鈍、柔、潤、干等藥性的藥物，以使體質結實，抵抗力增強；治療赤巴病則用具有涼、稀、鈍、潤、軟性的藥物，以滋潤身體；而治療培根病則以具有辛、銳、糙、輕、動等性質的藥物，使身體產生較多的熱能。
藏藥的劑型也有其獨特之處。常見的劑型有丸劑、散劑、湯劑、膏劑、藥油、藥酒和滴劑等。在配制之前應首先對原料藥材進行鑒定。這包括品種、質量等，然后再按炮制通則予以加工炮制，萬可按照處萬刑量進行配制。最常用的劑型是丸劑，系指藥物細粉加適宜的粘合劑制成的圓球形制劑，又分水泛丸、浸膏丸、酥油丸、藥油丸等。藏藥雖然也有湯劑的使用，但一般很少，這可能與高原地區(qū)的氣壓低、水的沸點低有關，在這種條件下很難將藥物中的有效成分完全煎熬出來。
藏藥十分講究對藥物的炮制。一般的炮制手段有篩、刮、洗、漂、碾、炒、煅等，根據不同藥物的特點而分別選用。同時也很注意選擇適當的時間來采集藥物。在不同的季節(jié)，根據藥用的特點分別采摘其根、莖、花、葉等部位，然后去除其雜質，陰干、曬干。
當然，藏藥也有不少成藥，包括二十五味珍珠丸、十味訶子散、八味石榴清肺散、九味牛黃丸、珍珠七十味等。其中的一些，如珍珠七十味對神經系統(tǒng)疾病的療效理想，在國內外享有很高的聲譽，深受廣大患者的歡迎。
